目前，医疗废弃物的处理方法主要包括卫生填埋法、高温焚烧法、压力蒸汽灭菌法、化学消毒法、电磁波灭菌法、等离子体法、干热粉碎灭菌法、热解法等。
1. 卫生填埋法
卫生填埋法是医疗废弃物的*终处置方法，其原理是将垃圾埋入地下，通过微生物长期的分解作用，使之分解为无害的物质。医疗废弃物的填埋系统如果没有防渗措施，各种有毒物质、病原体、放射性物质等会随雨水渗入土壤，有害物质会通过食物链进入人体，危及人类健康。因此，卫生填埋场需经过科学的选址，并用粘土、高密度聚乙烯等材料铺设防渗层，还必须设置填埋气的收集和输出管道，所以采用填埋处理法必须非常慎重，一定按有关规定对医疗废弃物进行严格的预处理 。
2. 高温焚烧法
医疗废弃物主要由有机碳氢化合物组成，含有较多的可燃成分，具有很高的热值，采用焚烧处理方式具有完全的可行性 。焚烧处理是一个深度氧化的化学过程，在高温火焰的作用下，焚烧设备内的医疗废弃物经过烘干、引燃、焚烧三个阶段将其转化成残渣和气体，医疗废弃物中的传染源和有害物质在焚烧过程中可以被有效破坏。焚烧技术适用于各种传染性医疗废弃物，焚烧时要求焚烧炉内有较高而稳定的炉温，良好的氧气混合工况，足够的气体停留时问等条件 ，同时需要对*终排放的烟气和残渣进行无害化处置。
3. 化学消毒法
化学消毒法的实质就是将破碎后的医疗废弃物与一定浓度的消毒剂（次氯酸钠、过氧乙酸、戊二醛、臭氧等）混合作用，并保证其与消毒药剂有足够的接触面积和时间，有机物在消毒过程中被分解、微生物被杀灭。消毒药剂与医疗废弃物*大接触是保障处理效果的前提。通过使用旋转式破碎设备提高破碎程度，保证消毒剂能够将其穿透。化学消毒法适合处理液体医疗废弃物和病理方面的垃圾，*近也在逐步用于那些无法通过加热或润湿进行消毒灭菌的医疗废弃物的处理。
4. 高温热解焚烧法
高温热解法的原理是将医疗废弃物有机成分在无氧或贫氧的条件下加热到6OO～900~C，用热能使化合物的化合键断裂，使大分子量的有机物转变为可燃性气体、液体燃料和焦炭的过程。热解产生的气体中主要含有氢气、甲烷、一氧化碳、二氧化碳以及其它烃类和挥发性有机物。
